Podstawą wzajemnej współpracy w dziedzinie rozwoju regionalnego jest art. 86 Układu Europejskiego. Wywodzi się on z zapisów art. 130 Traktatu Rzymskiego powołującego Wspólnot Europejską, według którego jednym z zadań WE jest dążenie do zredukowania różnic w stopniu rozwoju poszczególnych regionów, a także podniesienie na wyższy poziom opóźnionych w rozwoju regionów, co ma prowadzić do wszechstronnego, harmonijnego rozwoju Wspólnot Europejskich. Działania te wspierane są przez Fundusze Strukturalne. Fundusze odgrywały ważną rolę przy każdym etapie rozszerzania Unii Europejskiej. Po reformie polityki regionalnej w 1988r. finansowanie rozwoju regionalnego stało się drugą co do wielkości pozycją w budżecie Wspólnot. Według kryteriów wspólnotowych Polska jako cały kraj kwalifikuje się do objęcia pomocą strukturalną zgodnie z celem pierwszym, tj. jako obszar zapóźniony w rozwoju. Również godnie z art. 63 Układu Europejskiego Polsce przyznano status obszaru identycznego z obszarem Wspólnoty o którym mowa w art. 92.3.(a) Traktatu Rzymskiego o WE, tj. takiego, w którym poziom życia jest nienormalnie niski lub, w którym występuje niedostateczne zatrudnienie.
W wyniku zmian zaproponowanych w Agendzie 2000 ograniczono liczbę celów Funduszy Strukturalnych z siedmiu obowiązujących w latach 1994-1999 do trzech w latach 2000-2006. Jako cel pierwszy ustalono - promowanie rozwoju i niezbędnych do tego dostosowań w regionach opóźnionych w rozwoju. Głównym kryterium uznania obszaru za uprawniony do korzystania z pomocy w ramach tego celu jest niski poziom produktu krajowego brutto (PKB) na jednego mieszkańca. Jeśli stanowi on mniej niż 75% średniego produktu Wspólnoty, to region kwalifikuje się do pomocy realizowanej przez cel pierwszy.
Jako cel drugi - regiony wymagające rekonwersji i napotykające na szczególne trudności strukturalne. Zakłada się, że cel ten obejmie 10% ludności Unii Europejskiej zamieszkującej obszary o trudnych problemach umiejscowionych w sferze przemysłu i usług; 5% ludności mieszkającej na obszarach wiejskich; 2% ludności z trudnych stref zurbanizowanych oraz 1% ludności związanej z rybołówstwem.
Jako cel trzeci - jedyny cel horyzontalny poświęcony głównie walce z bezrobociem